گروه میکروب شناسی همزمان با تاسیس دانشگاه علوم پزشکی فسا در سال 1356 شروع به کار کرد . این گروه در ابتدا شامل زیر گروههای میکروب شناسی- انگل شناسی و قارچ شناسی – ویروس شناسی و ایمنی شناسی بود . از سال 1396 گروه انگل شناسی و قارچ شناسی تحت گروهی مجزا شروع به کار کرد . مدیریت این گروه از بدو شروع بر عهده آقای دکتر سید محمد حسین افسریان می باشد. این گروه به عنوان یکی از گروههای علوم پایه در حال حاضر مسئولیت تدریس دروس انگل شناسی، قارچ شناسی و حشره شناسی رشته های مختلف در مقاطع مختلف دانشگاه علوم پزشکی فسا را بر عهده دارد. پروژه های مختلف تحقیقاتی و هم چنین طرح های تحقیقاتی در قالب پایان نامه های دانشجویی مقاطع دکتری عمومی پزشکی زیر نظر اساتید این گروه انجام می پذیرد.